À deux reprises, les fonctions de Premier ministre de Mercier l'obligent à s'embarquer pour l'Europe. En 1888, il se rend à Rome afin de débattre de la rétrocession des biens des Jésuites. Cette question épineuse lui demande toute son attention, car elle touche le long passé de la colonie. À la Conquête de 1760, Georges III, souverain d'Angleterre, ordonne la dissolution de l'ordre des Jésuites. Il est désormais interdit à la Compagnie de Jésus de recruter de nouveaux membres, ce qui précipite l'extinction de la congrégation. À la mort du dernier Jésuite canadien en 1800, les biens de la communauté - incluant seigneuries, lots urbains et édifices - passent aux mains du gouvernement canadien. En 1831, ils sont confiés à la chambre d'assemblée pour financer l'instruction supérieure. Onze ans plus tard, la communauté est réhabilitée par le Pape et elle revient s'implanter au Canada. Les Jésuites réclament alors une indemnité pour les titres de propriétés qui ont été spoliés.
Cependant, plusieurs instances s'objectent à ce que toute la somme impliquée soit restituée aux Jésuites, même s'ils souhaitent l'employer pour fonder une nouvelle université. L'archevêché de Québec désire continuer à financer les activités de l'Université Laval. Les protestants, quant à eux, soutiennent que l'éducation ne devrait pas être réservée aux catholiques et sollicitent aussi une part du butin. L'affaire est donc fort délicate pour Mercier.
Pour mettre un terme à ces disputes, Mercier négocie directement avec les Jésuites et le Vatican, court-circuitant ainsi l'ordre habituel de la hiérarchie épiscopale canadienne. Certains lui ont reproché cette indépendance d'action, mais pour lui, il fallait régler cette affaire qui traînait depuis près d'un siècle. L'engagement final a permis la répartition de l'indemnité entre les Jésuites, l'Université Laval et les diocèses de la province.
L'intervention de Mercier dans ce dossier a été fort appréciée. Le Pape Léon XIII l'a d'ailleurs proclamé Comte Grand croix de l'ordre de St-Grégoire. Aux yeux de plusieurs, la rétrocession des biens des Jésuites est une des actions les plus mémorables de sa carrière.
