À l'image de tout empire qui connaît son déclin, son parti n'est pas épargné. En 1891, le Parti national est victime de graves accusations de détournements de fonds. Le scandale de la Baie-des-Chaleurs l'accuse d'avoir fraudé près de 60 000$. Une commission royale d'enquête conclue qu'aucune preuve de corruption ne pouvait être faite à l'endroit d'aucun ministre de l'administration de Mercier. Cependant, le tort était fait : le lieutenant-gouverneur avait déjà démis Honoré Mercier de ses fonctions. Aux élections générales de 1892, le Parti national subit une défaite écrasante face aux Conservateurs qui profitent du scandale.

Suite à cette défaite écrasante, Honoré Mercier sera ruiné et forcé à tout vendre. Seul son honneur résistera à cette vague de changements. En effet, son innocence est proclamée en novembre 1892. Cependant le mal est fait, l'homme a tout perdu. Il meurt deux ans plus tard du diabète.