Lors de ses voyages en Amérique, Jacques Cartier mentionne la présence de quelques villages iroquois le long de la Vallée du Saint-Laurent. Ils sont semi-sédentaires, puisqu'ils pratiquent à la fois l'agriculture, la chasse et la pêche.

Près de cent ans plus tard, il n'y a plus aucune trace de ces villages d'Amérindiens sédentaires. Cela représente un atout considérable pour l'établissement de colons dans cette région fertile. Champlain mentionne, dans ses écrits de voyage, que des Algonquiens sont présents sur l'Île Saint-Éloy, à une lieue et demie de la rivière Sainte-Anne. Il est fort probable que ce soit des Algonquiens de la famille des Attikameks qui se trouvent principalement en Haute-Mauricie à cette époque.

Dès les premières années d'établissement de la colonie française, l'Île Saint-Eloy joue un rôle important dans le commerce des fourrures. En effet, les Algonquiens se réunissent sur l'Île pour permettre l'échange de biens avec les Européens. La proximité de la rivière Batiscan et de la rivière Sainte-Anne permet aux coureurs des bois d'avoir accès à l'arrière-pays et aux fourrures.

Un premier seigneur, Michel Gamelain, vient s'installer à Sainte-Anne-de-la-Pérade vers 1660. Il établit un poste de traite sur une pointe de terre située au confluent du fleuve et de la rivière Sainte-Anne. Les premiers établissements agricoles s'installent près de ce poste qui devient le centre d'activité de la petite communauté. À l'époque, les efforts de peuplement sont limités. La métropole ne se préoccupe que de l'exploitation des ressources de sa colonie, notamment une ressource des plus précieuses : les fourrures. Les nations amérindiennes ont contribué largement - souvent à leur propre détriment - à l'établissement d'un réseau commercial extrêmement lucratif… pour les Européens.

Peu à peu, le gouvernement voit d'un mauvais œil le commerce de l'eau-de-vie avec les Amérindiens. N'ayant point l'habitude de boire des boissons alcoolisées, les Autochtones ne savent se limiter, ce qui entraîne parfois des comportements violents de leurs parts. Malgré une réorientation du commerce, la traite des fourrures demeure un moyen facile d'amasser des capitaux plus rapidement. Au début du XVIIIe siècle, près de trente pour cent (30%) des hommes qui correspondent aux critères de sélection quittent le district de Trois-Rivières pour faire le commerce des fourrures. L'argent amassé permet l'achat d'une concession et les moyens nécessaires pour assurer la survie d'une famille. Ainsi, le métier de coureur des bois est délaissé au profit de l'agriculture.

Au milieu du XVII^e siècle, le peuplement de la colonie surgit parmi les préoccupations de la métropole. Dorénavant, les efforts de colonisation sont organisés dans le cadre du régime seigneurial. Dans ce système, l'Intendant octroie une portion de terre, appelée seigneurie, à un homme qui obtiendra conséquemment le titre de seigneur. Celui-ci est chargé de diviser sa seigneurie en lots et d'octroyer des terres à tout homme désirant s'établir. En contre-partie, le colon s'engage à défricher sa terre, à payer une rente annuelle (ce qui correspond habituellement à près de 1/12 des récoltes), à participer aux corvées et à faire moudre son grain au moulin seigneurial.

Le seigneur n'a pas que des droits : il assume plusieurs responsabilités. Il doit d'abord encourager le peuplement du territoire qui lui a été confié. Il a l'obligation de construire un moulin banal et d'habiter sa seigneurie. À cet effet, il se réserve le meilleur lopin de terre, qui devient son domaine seigneurial.

Au fur et à mesure que la colonisation progresse en Nouvelle-France, les paysages de cette terre promise se modifient. En effet, les premiers explorateurs mentionnent dès le départ le potentiel agricole de la Vallée du Saint-Laurent qui leur rappelle la France. La qualité des sols, l'égalité du terrain, ainsi que l'abondance des richesses naturelles sont des caractéristiques mentionnées par Jacques Cartier et Samuel de Champlain. Pierre Boucher, gouverneur des Trois-Rivières, souhaite l'exploitation des terres au bénéfice de la colonie. Cependant, le paysage de la Nouvelle-France est aride. La majorité des espaces est couverte d'arbres. Pour un Européen, le paysage idéal est plat et découvert. Cependant, le défrichage est difficile. Un colon qui travaille bien défriche en moyenne un arpent par année. Les seuls arbres épargnés sont les érables à sucre desquels plusieurs aliments peuvent être produits. Par la suite, la mise en culture est possible. Bien que les Amérindiens pratiquaient l'agriculture par brûlis, les cultivateurs poursuivent la tradition française, sauf à quelques exceptions. Les Européens suivront les Autochtones que pour le choix de quelques cultures, notons par exemple, le maïs, les courges et les haricots.

Le premier seigneur de Sainte-Anne, Michel Gamelain, ne conserve ce titre qu'une courte période, puisqu'il cède sa seigneurie à Edmond de Suève et à Thomas de Lanouguère, tous deux officiers du Régiment Carignan-Salières. La transaction est officialisée en 1672 par l'Intendant Talon qui consacre les deux hommes co-seigneurs des lieux. Ils se partagent le territoire en deux seigneuries distinctes : Sainte-Marie à l'ouest, et Sainte-Anne à l'est.

En 1704, la veuve Lanouguère cède les titres de Sainte-Anne à son fils, Pierre-Thomas, et à son épouse, Madeleine de Verchères. Sous leur règne, la seigneurie traverse une de ses périodes les plus mouvementées.